Dado que la producción documental procede de la gestión realizada en el administración publica en sus diversos momentos, la organización persigue reflejar su esquema de funcionamiento  con el objeto de que los documentos puedan ser mejor comprendidos al establecer las relaciones contextuales entre si. Los fondos documentales que se conservan en el AGCA son muy diversos y abarcan un periodo muy amplio en el tiempo, lo que les hace transitar por diferentes formas de poder politico, desde la sociedad organizada en un régimen colonial, pasando por los diversos intentos de un sistema federal hasta llegar a los estados nacionales. 

Para poder acercarse a la organización de los fondos el usuario encontrarà tres grandes divisiones: